功能性消化不良是指源於胃十二指腸區域的一種症狀或一組症狀，治療方法主要包括一般治療和藥物治療。

一、一般治療：

1、生活：幫助患者認識、理解病情，建立、改善生活習慣，避免煙、酒及服用非體類抗炎藥；

2、飲食：無特殊食譜，但應避免個人生活經歷中會誘發症狀的食物。

二、藥物治療：

1、抑酸藥：適用於非進餐相關消化不良中以上腹痛、燒灼感為主要症狀者，可選擇H2受體阻斷藥或質子泵抑制藥，可選用鋁碳酸鎂；

2、促胃腸動力藥：可改善與進餐相關的上腹部症狀，以上腹飽脹、早飽、噯氣為主要症狀患者常作為優先選用，常用藥有多潘立酮、莫沙必利；

3、根除幽門螺桿菌治療：對少部分有幽門螺桿菌感染的患者可能有效；

4、助消化藥：消化酶和微生態製劑可作為治療消化不良的輔助用藥，改善與進餐相關的腹脹、食欲缺乏等；

5、精神心理治療：上述治療療效欠佳而伴隨精神症狀明顯者，可試用抗抑鬱藥，常用的有三環類如阿米替林，5-HT再攝取抑制藥如氟西汀等。