牙周手術時會為患者採取局部麻醉的方式，儘量減少患者的疼痛，因此牙周手術是基本無痛的，患者不必過度擔心疼痛問題。

且現代牙周手術不斷發展，不論是從麻藥種類還是注射方式上，幾乎都可以做到完全無痛，且醫生常會通過靈巧的手法、快速的手術操作、精密的手術器械盡可能縮短手術時間，且減輕患者局部軟硬組織的創傷。術後經術區嚴密縫合、良好的口腔護理，不適症狀一般在術後一周內便可以很快消失，且術後疼痛程度常常在正常人群可以忍受的範圍內。