鼓膜穿刺術後後遺症比較少見，主要有穿刺後鼓膜形成永久性的穿孔，對聽力稍微有影響，一般影響不大。如果穿刺針紮得太深，或者是鼓室腔太小，有的會引起眩暈、噁心，嘔吐等症狀。

還有經過鼓膜穿刺沖洗後滲出性的中耳炎如果沒有得到根治，需要再次手術治療，就要行鼓膜置管術。這些情況其實是很少發生，特別在耳內鏡下行鼓膜穿刺效果非常好，後遺症以及不良反應更少出現。

如果鼓膜穿刺能將鼓室內比較粘稠的液體都抽出來，同時可以進行鼓室內沖洗，對鼓室的功能恢復可以起到很積極的作用。鼓膜穿刺術是用來治療比較頑固的滲出性的中耳炎的一種治療方法。